Det var på fiskernes eget initiativ at Gilleleje kirke blev opført. Dette skete formodentlig allerede i 1538 kort tid efter reformationen i 1536. Det var her at der på bakken oven for fiskerlejet at der rejste sig en stor og anseelig kirkebygning, der hvor kirken ligger i dag.
Bygningsværket jar været et imponerende syn i forhold til alle de lave hytter og fiskehuse på strandengene nedenfor. Datidens kirkes eneste forskel fra nutidens var at den oprindelige kirke var opført i bindingsværk.
I nyere tid er Gillelejes kirke i sær kendt for at skjule jøderne under 2. verdenskrig, inden de blev sejlet videre til Sverige. Godt 1300 af Danmarks i alt 7000 jøder nåede sikkert i land i Sverige. Men i 1943 gik det galt da 80 jøder, der lå gemt på kirkeloftet, men en stikker havde angivet dem til Gestapo. Alle på nær én, som mirakuløst nåede at flygte, blev sendt til koncentrationslejren Theresienstadt i Tjekkoslovakiet. Heldigvis vendte lang de fleste tilbage til Danmark – dog med ar og traumer på sjælen.
En ung fransk soldat blev i efteråret 1943 hevet livløst op af vandet af en fisker og dennes kollega. Det var ikke muligt at identificerer soldaten ud over at han var fransk, men de to fiskere sørgede for at soldaten i al hemmelighed blev begravet på den nye kirkegård. Det er menighedsrådet der vedligeholder stedet med blomster i de franske farver og med smuk grandækning i vinterperioden.
Hvert år den 11. november kl. 11 bliver der afholdt en lille mindehøjtidelighed ved mindestenen, hvor menighedsrådet og den franske forening Souvenir Francaise anbringer friske blomster på graven.
